En el año 1928, Francisco Isern Llosent fundó un equipo con su grupo de amigos que iba a recoger el apodo con el que eran conocidos, los 'calaveras'. En la Puerta Osario y bajo esta peculiar circunstancia nació el Calavera C.F. Seguramente, ni Isern Llosent ni su grupo llegaron a pensar que 90 años más tarde su club iba a estar más vivo que nunca.

La historia del Calavera se escribe a la par que la del fútbol provincial sevillano. Afincado desde sus inicios en las diversas ligas modestas, el cuadro hispalense encuentra su mayor logro a mediados de la década de los cuarenta: dos cursos en Tercera División.

Antes, el Calavera compite, con cierto éxito, durante once años, exceptuando el período de la Guerra Civil, en la denominada Tercera Categoría Local. Tras el conflicto bélico, cambia el sino de la entidad gracias al comienzo de una colaboración con el Real Betis, un proyecto que lleva al equipo a la categoría de bronce en el curso 46/47.

La Residencia, emblemático feudo del Calavera hasta 1990, acogió el debut en Tercera ante el Badajoz. Los extremeños, candidatos al ascenso, doblegaron con claridad a los hispalenses (0-4). Una temporada después (47/48), dicha aventura también llevó al Calavera a disputar una eliminatoria de la Copa del Generalísimo contra el Recreativo de Huelva (6-2). Al término del curso, el club de las 'tibias', como era conocido en la prensa de la época en alusión a su escudo primitivo, regresó a la Preferente. Deportivamente, fueron los años más gloriosos de un clásico desde entonces en las diversas competiciones del fútbol provincial sevillano.